El sospechoso fue detenido el domingo por la tarde cerca del castillo de Drottningholm, uno de los palacios reales de Suecia, dijo la policía.
El hombre es sospechoso de violar la ley de protección de lugares sensibles, como la residencia privada del rey Carlos XVI Gustaf y la reina Silvia.
«No estamos confirmando la nacionalidad de esta persona, simplemente confirmamos el arresto de un hombre», dijo a la AFP el portavoz de la policía de Estocolmo, Ola Österling.
La investigación ha sido entregada en parte a la agencia de inteligencia nacional sueca, Säpo.
El arresto se produce cuando Suecia investiga una serie de informes de drones desconocidos que se han visto en varias regiones suecas.
A principios de este mes, se informó que varios drones fueron vistos sobre las plantas de energía nuclear suecas y otros lugares sensibles.
También se informó de un «dron militar» a mediados de enero que volaba sobre los edificios del parlamento y el gobierno suecos y el palacio real en el centro de Estocolmo.
La policía sueca ha dicho que aún no han podido probar que los drones sospechosos hayan sido desplegados por un país extranjero, a pesar de los casi 200 informes.
El país escandinavo ha reforzado recientemente sus defensas en la isla de Gotland en un contexto de tensiones con Rusia por Ucrania.