A mediados de marzo, el Instituto Nacional de Salud (INS) recibió una muestra de sangre de un paciente de Antioquia que, el 11 de ese mismo mes, había sido confirmado como portador de covid-19, la enfermedad responsable de la pandemia que hoy enfrentan más de 190 países y que deja más de un millón de infectados, 70 mil muertos y un cuarto de millón de pacientes recuperados.
La misión del grupo de Virología de la Unidad de Secuenciación y Genómica del INS era, a partir de esa muestra, obtener el genoma completo del Sars-Cov-2 colombiano, algo así el manual de instrucciones que le permite al virus funcionar y, sobre todo, replicarse a medida que infecta las células respiratorias humanas.
Este manual de instrucciones a escala microscópica está compuesto por nucleótidos y aminoácidos, los ingredientes que componen al virus y que están organizados en páginas, conocidas como ‘sitios’ dentro del ARN del virus (a diferencias de los demás organismos vivos, los virus como el Sars-Cov-2 no tienen ADN, y toda su información genética está organizada en el ARN).
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Si determinan en detalle estos datos, los científicos pueden conocer a fondo información genética del virus, como su origen y la cantidad de cambios (las famosas mutaciones) que ha acumulado en su viaje infeccioso alrededor del mundo, de paciente en paciente, y adaptándose a las condiciones ambientales de cada lugar, desde su origen en Wuhan, hasta llegar a Colombia.
“Nuestro objetivo era reconocer los cambios en el material genético del virus y así identificar posibles grupos de transmisión, calcular cambios o mutaciones de importancia y llevar a cabo análisis epidemiológicos para dimensionar la magnitud de la pandemia y mejorar el seguimiento a los casos importados y sus contactos”, explica la bacterióloga Katherine Laiton Donato, del grupo de virología del INS.
Según Laiton, la secuenciación también puede ser útil para reconocer cadenas de transmisión, incluso en individuos en los que se desconoce la fuente de contagio.
Para estudiar el genoma del coronavirus, los científicos tomaron la muestra y la sometieron a tamizaje, un proceso mediante el cual las muestras de Sars-Cov-2 son analizadas para obtener lecturas de millones de fragmentos de nucleótidos y aminoácidos del virus. Posteriormente, estas son analizadas mediante técnicas por computador.
Nuestro objetivo era reconocer los cambios en el material genético del virus y así identificar posibles grupos de transmisión
Los investigadores compararon sus resultados con los datos depositados en Nextstrain, una base de datos abierta en la que los diferentes institutos de genética del mundo pueden aportar sus propios genomas del nuevo coronavirus y de otros organismos. Allí, por ejemplo, también se pueden encontrar los genomas de virus como el ébola, el dengue y el zika, entre otros.
En el análisis, en el que participaron investigadores de la Universidad Cooperativa de Colombia, el Instituto Alexander von Humboldt, el Imperial College de Londres y la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres, encontraron que el genoma del coronavirus colombiano está estrechamente relacionado con los de Chile y España, país del que, según la base de datos, provino el paciente del que fue tomada la muestra.
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Además, los científicos encontraron que el primer coronavirus colombiano pertenece al clado B, una ramificación del linaje del Sars-Cov-2 reconocida por haberse separado del resto en Europa.
“A medida que ha viajado por el planeta, el Sars-Cov-2 se ha ramificado en dos linajes, el A y el B, conocidos como clados. Estos, a su vez, tienen subdivisiones. Así, mientras el Clado A aún guarda mucha relación con la ascendencia asiática, el B se apartó bastante de esta desde Europa”, dice Juan Armando Sánchez, director del laboratorio de Biología Marina Molecular de la Universidad de los Andes.
Además, Sánchez agrega que dentro de los hallazgos más llamativos se encontró que el genoma colombiano está levemente por debajo del promedio de la tasa de mutaciones mundial del nuevo coronavirus.
“Mientras en el mundo el Sars-Cov-2 acumula un promedio de 23.341 cambios al año, en Colombia esta tasa es levemente menor. Para hacer un paralelo, los humanos tenemos una tasa de sustituciones bajísima, de solo 0,0000000005 sustituciones por sitio por año”, dice.
Hasta la fecha, los científicos del mundo han secuenciado más de 2.600 genomas del nuevo coronavirus, y cada día se secuencencian nuevos.
De hecho, pocos días después de haber estudiado la muestra de Medellín, el Instituto Nacional de Salud recibió una segunda, proveniente de una paciente en Bogotá, la cual también secuenciaron. Para su sorpresa, este virus pertenecía a una línea evolutiva totalmente diferente, en el clado A2a
“Tener dos genomas completos del Sars-CoV-2 de los primeros virus circulantes en Colombia es de enorme utilidad para futuros estudios que quieran entender la evolución del virus y su virulencia en el país y, de esta manera, obtener alternativas terapéuticas más efectivas, puntualiza Sánchez.
Y continúa: “Los genomas que conocemos de Antioquia y Bogotá pertenecen a dos grupos ya muy diferenciados del virus, lo que alerta sobre el gran potencial de recombinación que podría tener en Colombia si estos dos linajes circulan y se encuentran en alguna población. Claramente la medida de quedarse en casa se hace cada vez más importante ante esta posibilidad”.
“La recombinación podría aumentar la diversidad genética del virus y su potencial adaptativo, pudiendo llevarlo a convertirse en mucho más peligroso para la salud humana y más difícil de combatir”, apunta Sánchez.
NICOLÁS BUSTAMANTE HERNÁNDEZ
nicbus@eltiempo.com