Un artículo publicado a principios de este mes por Ciencias afirmar que la variante Omicron del SARS-CoV-2 surgió gradualmente, en una amplia zona de África, antes de que se detectara, sus autores se retractaron hoy. En un aviso de retractación, los 87 investigadores involucrados en el artículo reconocieron que las secuencias cruciales del genoma en las que el estudio basó sus conclusiones fueron el resultado de la contaminación. «Cometimos un error y eso es amargo», dice el autor principal Felix Drexler del Hospital Universitario Charité en Berlín.
El artículo generó críticas casi desde el momento en que se publicó, y algunos científicos dicen que el problema podría haberse evitado si el estudio se hubiera publicado primero como una preimpresión, lo que permitió que los científicos independientes hicieran comentarios. “Esto habría sido masacrado en Twitter a los pocos días de estar en preprints”, dice Aris Katzourakis, virólogo evolutivo de la Universidad de Oxford.
Omicron se descubrió por primera vez a fines de 2021 en Botswana y Sudáfrica, se extendió rápidamente por todo el mundo y desde entonces ha dominado la pandemia. Su origen exacto ha sido un misterio, en parte porque Omicron es muy diferente de las variantes que circulaban antes.
Los investigadores han propuesto varias ideas para explicar la brecha genética. En un escenario, el virus pasó por un período prolongado de evolución en un huésped animal y luego se propagó nuevamente a los humanos. En otro, evolucionó durante un largo período de tiempo en un solo paciente con una infección crónica. Una tercera posibilidad era que el virus hubiera estado circulando y mutando silenciosamente en un área del mundo donde se detectaban y secuenciaban pocos virus.
Él Ciencias papel parecía confirmar la tercera opción. Al examinar miles de muestras más antiguas de pacientes con COVID-19 de toda África con un ensayo específico de Omicron, los investigadores encontraron evidencia de la variante en 25 muestras de pacientes de África oriental y occidental ya en agosto y septiembre de 2021, meses antes de que explotara en Africa del Sur. Los investigadores secuenciaron los genomas de cinco de las muestras, de Benin, y descubrieron que tenían algunas características de Delta, la variante previamente dominante, y algunas de Omicron, lo que sugiere que representaban una etapa intermedia de evolución.
Pero Kristian Andersen, que estudia la evolución de los patógenos en Scripps Research, dice que la teoría de la evolución gradual ya estaba «fuera de discusión» antes de que se publicara el artículo. Si Omicron realmente hubiera evolucionado a medida que el SARS-CoV-2 se propagaba gradualmente a través de una población, debería haber tenido muchas más mutaciones sinónimas, del tipo que no conduce a cambios en las proteínas virales, dice Andersen, porque tales mutaciones a menudo se vuelven «fijas». o establecido permanentemente, durante la transmisión entre personas. “Es por eso que cuando salió este documento… fue inmediatamente una bandera roja”, dice.
Después de profundizar en el artículo, Andersen y otros investigadores señalaron rápidamente las inconsistencias en Twitter y directamente a los autores. Por ejemplo, las secuencias del genoma presentadas como ancestros tempranos de Omicron tenían muchas mutaciones esperadas en un precursor, pero también algunas que son típicas de la subvariante BA.1 de Omicron, que evolucionó más tarde. “Ese patrón sugería que había un problema con la contaminación”, dice Michael Worobey, biólogo evolutivo.en la Universidad de Arizona, Tucson.
Drexler reconoce que algunas de las lecturas individuales en las muestras de Benin (fragmentos del genoma que se secuencian individualmente y luego se juntan) parecían ser el resultado de la contaminación. El equipo concluyó que esencialmente había secuenciado fragmentos de Omicron y cepas anteriores de SARS-CoV-2; Luego, la computadora los unió en una secuencia de genoma que se hizo pasar por un virus a medio camino entre Omicron y las variantes anteriores. Un intento de secuenciar los virus nuevamente a partir de muestras residuales no reprodujo los resultados anteriores, dice Drexler.
Los críticos del periódico dicen que los errores deberían haber sido detectados en la revisión por pares.
“Ciertamente es necesario formular algunas preguntas difíciles”, dice Andersen. Otro científico, que dice que les preguntó Ciencias para revisar el manuscrito, y que pidió permanecer en el anonimato, dice que señalaron las fallas del artículo en una revisión crítica.
Holden Thorp, redactor jefe de Ciencias, escribió en un correo electrónico que “Hubo más que suficiente apoyo aquí para publicar el artículo de los revisores”, sin dar más detalles. “Pero el hecho de que tuviéramos el apoyo para publicar el artículo no significa que no lamentemos el hecho de que estos problemas solo se descubrieron después de la publicación”, agregó Thorp. “Aceptamos la responsabilidad por el hecho de que no nos dimos cuenta durante la revisión”. (CienciasEl departamento de noticias de ‘s es independiente de su lado editorial.)
Drexler está de acuerdo en que publicar una preimpresión habría evitado la publicación y retractación del artículo. No parecía necesario apresurar la información porque no respondía preguntas urgentes de salud pública, pero «lo lamento en retrospectiva», dice.