Varios canales vinculados a los separatistas eran inaccesibles «debido al incumplimiento de las reglas de la comunidad de YouTube».
El cierre se produce en medio de un aumento de las tensiones entre Occidente y Rusia por los movimientos de tropas cerca de Ucrania.
En un comunicado a Euronews, el gigante estadounidense de las redes sociales confirmó que había inhabilitado varias cuentas vinculadas a separatistas prorrusos.
«YouTube cumple con todas las sanciones aplicables y las leyes de cumplimiento comercial, incluso con respecto al contenido creado y subido por entidades restringidas», dijo un portavoz de Google. «Si descubrimos que una cuenta viola nuestros Términos de servicio o las Pautas de la comunidad, la inhabilitamos».
YouTube no dio más detalles sobre cuál de las reglas de la plataforma habían violado las cuentas.
Los canales afectados por la medida incluyen el Centro de Información de la República Popular de Lugansk, el sitio web oficial de noticias del autoproclamado territorio de Luhansk.
El sitio web dijo que su canal de YouTube había sido cerrado «sin explicación».
También se cerraron varios otros canales separatistas, incluido el Ministerio de Información y la «milicia popular» de la autoproclamada República Popular de Donetsk.
Los combates estallaron en la región de Donbas de Ucrania en marzo de 2014 después de que Rusia se anexionara la península de Crimea.
La propia Rusia ha acusado regularmente a las principales redes sociales, como Facebook, Google o YouTube, de violar las leyes rusas al no eliminar el contenido prohibido.