Cuándo Echezona Ebenezer dejó el sureste de Nigeria para comenzar un doctorado en bioquímica. en la Universidad de Cambridge en 2013, pronto se dio cuenta de que había poca información sobre los genomas de plantas y animales de África en las bases de datos de secuenciación global existentes. Para ayudar a proteger la biodiversidad del continente y ayudar a su agricultura, él y sus colegas fundaron la Proyecto BioGenoma Africano (AfricaBP) para secuenciar cada planta, animal y otros eucariotas nativos del continente, estimado en más de 100.000 especies.
Coordinado por la Universidad de Agricultura y Tecnología Jomo Kenyatta en Nairobi, Kenia, AfricaBP se lanzó oficialmente en junio de 2021 y ahora incluye a 109 científicos africanos y 22 organizaciones africanas, que representan a investigadores y organizaciones de las cinco regiones de la Unión Africana. El plan es desarrollar un centro de conocimiento que ayude a desarrollar la capacidad científica y comparta equitativamente los beneficios obtenidos de este esfuerzo de secuenciación del genoma. AfricaBP ya está tratando de secuenciar más de 2000 especies y se está asociando con tres esfuerzos genómicos globales: el Proyecto de Genomas de 10,000 Plantas (10KP)los Proyecto de genomas de vertebrados (VGP)y el Proyecto BioGenoma de la Tierra (EBP).
Pero el proyecto necesita financiación para ir más allá de sus esfuerzos piloto. Ebenezer, en un comentario en Naturaleza hoy, pide a los gobiernos, en África y más allá; socios internacionales; y los donantes a comprometer $ 1 mil millones durante la próxima década. Ciencia habló con el científico sobre por qué se necesita el trabajo y el futuro de la biogenómica en África.
Esta entrevista ha sido editada por motivos de brevedad y claridad.
P: ¿Cuéntanos sobre el Proyecto BioGenoma Africano?
A: Cuando comencé mi Ph.D. Busqué bases de datos de secuencias de genomas de plantas y animales en África, no había mucho allí. Hace unos 12 años me interesé en cómo los peces se adaptan a las condiciones ambientales con la ayuda de los parásitos. Me encontré con Bostrychus africanus, que se encuentra principalmente alrededor del Golfo de Guinea y en comunidades de África occidental. Este pez es huésped del parásito nematodo, Rafidascaroides africanus. Desde que me encontré con este pez, revisaba las bases de datos de secuencias de vez en cuando para ver su genoma, pero faltaba. También comprobaría los genomas de otras especies africanas y existía información limitada. Se hizo evidente para mí que las especies africanas son desatendidas por la comunidad genómica global. Esto se debe principalmente a que tales capacidades de bioinformática y secuenciación del genoma son limitadas en África.
P: ¿Qué se ha hecho en África hasta ahora?
A: AfricaBP se convirtió en un proyecto afiliado de EBP en 2020. Con la asociación VGP, hemos estado trabajando para secuenciar alrededor de 10 especies de vertebrados. Con el 10KP hemos ensamblado 100 especies de plantas para secuenciar. Ahora estamos en conversaciones con científicos en Sudáfrica para obtener una secuencia de los cinco mejores allí.
P: ¿La pandemia ha sido un obstáculo importante?
A: En realidad es. En África, en general, los científicos prefieren las conversaciones cara a cara, ya que funcionan mejor para la mayoría de las personas debido al acceso limitado a Internet y la electricidad. Hasta ahora hemos estado trabajando de forma remota. En el futuro nos gustaría encontrarnos físicamente en África.
P: ¿Qué tipo de centro de conocimientos pretende desarrollar?
A: Nuestro objetivo es garantizar que al menos el 80 % o más de la secuenciación se realice en el continente por científicos africanos a través de nuestro programa, el Instituto Abierto AfricaBP de Genómica y Bioinformática. Queremos que los científicos africanos recolecten muestras y las analicen. Incluso si van a contar con el apoyo de científicos del norte global, deberían desempeñar un papel de liderazgo en el proceso porque solo así podrán hacerlo por sí mismos en el futuro. Otra razón: es bueno secuenciar en el continente, ya que no es fácil transportar una muestra de Nigeria a Zimbabue, por ejemplo, hay muchos problemas regulatorios y legales. Pero si pudiera hacerlo en Nigeria, eliminaría todos esos problemas. Y, por supuesto, los nigerianos podrán tener más confianza en el sistema e incluso traer más muestras para la secuenciación.
P: ¿Qué pasa con la construcción de una inversión sostenida en la línea de carrera temprana para los científicos africanos?
A: Tiene que haber una financiación básica para un AfricaBP sostenible. Los científicos en África necesitan fondos para poder ejecutar el proyecto. Estimamos que costará alrededor de $ 1 mil millones durante 10 años, $ 100 millones por año para la secuenciación, el almacenamiento de información, los talleres y la financiación de los primeros investigadores de carrera. Creemos que el intercambio de conocimiento es clave en un proyecto como este. Nuestro objetivo es transferir conocimiento de los países que tienen más capacidad en genómica y bioinformática a los que tienen menos en África. Los científicos en Burundi podrían, por ejemplo, tener una beca en la Universidad de Ciudad del Cabo en Sudáfrica. Después de 3 años tendrán la capacidad que necesitan para volver a sus comunidades y contribuir con la genómica.
P: ¿Y de dónde pretende obtener los fondos?
A: Nuestro objetivo es obtener fondos de socios internacionales, agencias científicas africanas y la Unión Africana. Varios otros socios continentales estarán felices de conectarse con esto porque creemos que este proyecto es algo que debemos hacer para Agenda 2063, el plan de África para el desarrollo, que tiene tres objetivos que están relacionados con los recursos biológicos. En 2022, deberíamos comenzar a comprender la genética de estos recursos biológicos.
P: ¿Cuál es la importancia de hacer esto en África y por parte de los africanos?
A: África aún no está donde debe estar en lo que respecta a la capacidad para la genómica y la bioinformática. Aunque varios grupos en África se han involucrado en la genómica y la bioinformática, especialmente en el espacio humano, aún queda mucho por hacer en los no humanos. Al hacer esto en África, ayuda a desarrollar la capacidad que necesitamos. Brinda el conocimiento fundamental que África necesita para resolver sus problemas de alimentación y seguridad, y cuestiones de conservación, como cuántos elefantes hay en África ahora en comparación con hace 10 o 15 años y cómo podemos usar la información genética o genómica para realmente mejorar esto Las personas en África están más cerca de esta biodiversidad que alguien fuera de África, por lo que podrán mezclar el conocimiento cultural y tradicional en las prácticas genómicas.
P: ¿Cómo se siente acerca del futuro de la biogenómica en África?
A: Veo el futuro tan brillante. He tenido mucho interés de estudiantes del continente. Hay una gran aceptación desde los científicos que comienzan su carrera hasta los científicos establecidos y los funcionarios gubernamentales. El próximo paso para nosotros es poder asegurar una financiación básica de varios años que ayudaría a establecer el proyecto en sí mismo en todo el continente. Hay varios biobancos en África; este proyecto debería poder alimentar esos biobancos.