Maloney abandonó Easter Road tras la derrota del sábado por 2-1 ante el Hearts de Edimburgo en la semifinal de la Copa de Escocia.
«Nuestra esperanza al nombrar a Shaun Maloney como un entrenador joven y respetado era que nos ayudaría a hacer avanzar al club, pero al final no funcionó», dijo el presidente de Hibernian, Ron Gordon.
«Agradecemos a Shaun y su cuerpo técnico por todo su arduo trabajo y esfuerzos y les deseamos todo lo mejor para el futuro».
El ex mediocampista del Celtic y Escocia, Maloney, renunció a su puesto como asistente del entrenador de Bélgica para suceder a Jack Ross en el Hibernian en diciembre.
El jugador de 39 años ganó sus primeros dos partidos contra Aberdeen y Dundee United.
Pero el Hibernian solo había logrado una victoria en la liga desde entonces, y una derrota por 3-1 contra el Hearts la semana antes de la derrota en la semifinal los consignó a un final entre los seis últimos.
Maloney ha estado sin jugadores clave en ocasiones por enfermedad, lesión y suspensión, mientras que el club vendió al extremo australiano Martin Boyle al Al-Faisaly de Arabia Saudita al final de la ventana de transferencia.
El ex capitán del Hibernian, David Gray, se hará cargo del equipo por el resto de la temporada, con el apoyo de Eddie May y Jon Busch.
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