Un nuevo método de monitoreo de ADN ambiental para identificar especies de peces raras y en peligro de extinción que se venden en los mercados

En un artículo publicado recientemente en Métodos en Ecología y Evolución, investigadores del Laboratorio Forense de Conservación de la Universidad de Hong Kong han esbozado una nueva y poderosa herramienta para monitorear el comercio de especies de peces raras y en peligro de extinción en los mercados húmedos de Hong Kong. Usando ADN ambiental (eDNA) presente en el agua de desagüe de los mercados de pescado, los investigadores pudieron extraer y secuenciar suficiente ADN para identificar más de 100 especies de peces que habían pasado por el mercado.

El método eDNA detectó varios tipos de especies vulnerables o en peligro de extinción en el estudio, incluido Epinephelus fuscoguttatus, un tipo de mero jaspeado marrón que figura como vulnerable y en disminución según la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), y tres anguilas especies que incluyen Anguilla japonica y Anguilla rostrata, que están catalogadas como en peligro por la UICN, así como la anguila europea, Anguilla anguilla, incluida en la CITES (Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres). Se detectaron dos tipos de dorada, incluida la dorada (Nemipterus virgatus), que está clasificada como vulnerable por la UICN, y la dorada de Okinawa (Acanthopagus sivicolus), clasificada como vulnerable y en disminución por la UICN.

Metabarcoding permite la identificación de especies a la vez

El código de barras es un método común de identificación de especies, en el que ciertas regiones del genoma de un organismo se secuencian y se utilizan para identificar el organismo en cuestión. Cada especie tiene su propio «código de barras» único, que puede proporcionar una forma de identificación más confiable que los métodos tradicionales basados ​​en la morfología. Esta técnica se puede ampliar para identificar muchas especies a la vez (lo que se conoce como metacódigo de barras) gracias a la avanzada tecnología de secuenciación de alto rendimiento. Incluso las pequeñas cantidades de ADN que las plantas y los animales arrojan al medio ambiente (eDNA) son suficientes para el código de barras meta, lo que permite la identificación de comunidades mixtas de especies que pueden haber estado presentes en el área.

En este estudio, los investigadores del Laboratorio Forense de Conservación intentaron desarrollar un método para identificar las especies de peces comercializadas en los mercados de Hong Kong que no depende de que los expertos en taxonomía de peces pasen horas identificando visualmente cada pez en venta. Además, muchos vendedores de pescado a menudo son reacios a permitir inspecciones prolongadas de sus productos, ya que a menudo se pueden encontrar especies de pescado en peligro de extinción en los mercados de Hong Kong.

El método descrito en el documento comparó los dos tipos más comunes de captura de eDNA: filtración y precipitación. En el método de filtración, se recolectó un litro de agua recolectada de los desagües en tres mercados húmedos y se pasó a través de un filtro fino, que capturó tejido, sangre y otros desechos celulares que contenían suficiente ADN para hacer una identificación de las especies de peces que lo eliminan. . El método de precipitación usó incluso menos agua, lo que permitió la identificación de las especies de peces presentes mediante la precipitación química del eDNA presente en los desechos celulares de 45 ml de escorrentía de drenaje. Después de recolectar el agua de drenaje, se extrajo y secuenció el eDNA y se identificaron las especies de peces presentes en los tres mercados húmedos investigados durante un período de 5 días. Para confirmar los resultados, un taxónomo experto en peces realizó un estudio visual y se comparó la superposición de las detecciones de especies.

Alta fiabilidad y fácil de adaptar.

Si bien es imposible estar 100% seguro al identificar cada especie presente con cualquiera de los métodos, las ventajas de un método de encuesta basado en el ADN son numerosas. Principalmente, las identificaciones basadas en el ADN pueden ser más confiables que las identificaciones morfológicas, y esto es especialmente cierto cuando los peces se venden sacrificados o pertenecen a ciertos géneros y familias de aspecto similar. El método de extracción de ADN descrito en el documento también es muy simple y puede ser ejecutado fácilmente por cualquier persona con capacitación básica en laboratorio molecular de varias horas. Los censos visuales requieren horas y horas de extenso trabajo por parte de varios taxónomos expertos, lo que ha sido un factor que ha retrasado el lanzamiento de censos regulares en Hong Kong.

«Esperamos que nuestro método no solo anime a las autoridades locales a adoptar más soluciones de alta tecnología para monitorear y combatir el comercio ilegal de vida silvestre en Hong Kong, sino que también ayude a expandir el uso de eDNA y metabarcode en contextos urbanos», dijo John L. Richards, coautor del artículo de la revista.