Las investigaciones muestran que las mutaciones del gen de la espícula no se correlacionan con una mayor gravedad de la variante del SARS-CoV-2

Una nueva investigación del Centro de Inteligencia Computacional para Predecir Riesgos Ambientales y de Salud (CIPHER) de la UNC Charlotte ha descubierto que las dos cepas recientes y prevalentes del virus que causan COVID-19, las variantes BA.2.86 y JN.1 del SARS-CoV-2, no son significativamente mejores que su predecesora Ómicron para evadir las respuestas inmunes y causar infecciones a pesar de tener un alto número de mutaciones en comparación con Ómicron.

Cuando se identificaron por primera vez, la variante ómicron, BA.2.86, y su pariente cercano, JN.1, suscitaron importantes preocupaciones de salud pública. Estas preocupaciones estaban relacionadas con el hecho de que la variante ómicron original estaba altamente mutada, lo que daba lugar tanto a evasión inmunitaria como a infecciones posvacunación, además de ser más infecciosa y altamente mutada en comparación con las variantes anteriores.

Se especuló que un gran número de nuevas mutaciones en BA.2.86 y JN.1 conferían una mayor capacidad de estas variantes para evadir el sistema inmunológico humano y ser más transmisibles. Los análisis computacionales exhaustivos realizados por un equipo de académicos y estudiantes de la UNC Charlotte determinaron que estas variantes solo tenían cambios pequeños y estadísticamente insignificantes en la evasión inmunológica y la capacidad de unión a la célula huésped en comparación con las variantes anteriores, incluida la ómicron.

Para evaluar la evasión inmunitaria de BA.2.86 y JN.1, el equipo de investigación de la UNC Charlotte realizó análisis in silico del dominio de unión al receptor (RBD; la región del genoma viral contra la que se diseñan las vacunas de ARNm) del SARS-CoV-2, comparando las dos variantes más nuevas con variantes anteriores para calcular la afinidad de unión relativa de los anticuerpos neutralizantes (de pacientes vacunados, pacientes infectados y fuentes terapéuticas) al RBD. Además de los análisis de anticuerpos, los investigadores calcularon la afinidad de unión relativa de BA.2.86 y JN.1 a la enzima convertidora de angiotensina-2 (ACE2; el receptor viral en las células humanas) en comparación con variantes anteriores.

El equipo encontró cambios menores en la afinidad de unión de los anticuerpos neutralizantes y la ECA2 para BA.2.86 y JN.1 en comparación con las variantes anteriores del SARS-CoV-2. Sin embargo, esos cambios no fueron estadísticamente significativos. Por lo tanto, concluyeron que BA.2.86 y JN.1 no tienen un aumento significativo en la evasión inmunitaria o la transmisibilidad a las variantes anteriores.

El RBD viral es fundamental para unirse al receptor ACE2 de la célula humana, por lo que es improbable que el RBD cambie drásticamente para evadir los anticuerpos neutralizantes existentes inducidos por la vacuna o una infección previa sin disminuir significativamente la afinidad del RBD al ACE2.

Muchos de los residuos del RBD que son fundamentales para la unión a la ECA2 también son objetivos de los anticuerpos. Los anticuerpos neutralizantes que se dirigen al RBD se han vuelto cada vez más específicos y eficaces. Como resultado de este estancamiento bioquímico, las proteínas del SARS-CoV-2 fuera del RBD han acumulado mutaciones a medida que han surgido nuevas variantes.

Por ejemplo, la variante JN.1 tiene tres mutaciones fuera del RBD en relación con su predecesora reciente BA.2.86. Estas mutaciones aún deben estudiarse, pero los primeros datos indican que aumentan la replicación viral y regulan negativamente el sistema inmunológico de las células huésped. En el pasado, algunas de estas mutaciones dentro de estas proteínas han llevado a una mayor evasión inmunológica y un aumento de la replicación viral. Por lo tanto, estas mutaciones pueden haber permitido que JN.1 supere a BA.2.86 en su prevalencia entre las variantes del SARS-CoV-2.

«Creemos que la evolución del RBD se está volviendo asintótica», dijo Shirish Yasa, asistente de investigación en CIPHER. «La presión evolutiva ahora se ha volcado hacia aquellos genes fuera del RBD. Como resultado, la investigación futura se centrará en los genes fuera del RBD».

«Estamos entrando en una nueva era de la epidemiología molecular al demostrar la necesidad de añadir un enfoque funcional a los esfuerzos de secuenciación de nucleótidos virales. Aunque Omicron estaba altamente mutado, evadía el sistema inmunológico y creaba una grave carga para la salud pública, nuestros resultados para JN.1 y BA.2.86 contrastan. En conjunto, nuestros resultados demuestran que contar las mutaciones del RBD por sí solo no indica evasión inmunológica ni posibles nuevas cargas para la salud pública», dijo Daniel Janies, codirector de CIPHER y profesor distinguido Carol Grotnes Belk de Bioinformática y Genómica en la Facultad de Computación e Informática.

Los hallazgos son: publicado En el diario Fronteras en Virología.