Martin Odegaard marcó el primero de los visitantes a los cinco minutos cuando, tras un pulcro doblete con Saka, el inglés lo devolvió al camino de su compañero, que superó con un disparo a Ben Foster.
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Watford empató a los 11 minutos cucho hernandezcuyo tiro de bicicleta tras un centro de Kiko Femenia superó al portero del Arsenal, Aaron Ramsdale.
Pero el Arsenal volvió a ponerse por delante a la media hora cuando Saka remató tras ser asistido por Alexandre Lacazette.
Los de Mikel Arteta marcaron el tercero en el minuto 52 cuando Gabriel Martinelli remató una maravillosa jugada colectiva. Saka sacó un tiro rápido y Odegaard combinó con Lacazette para que rematara Martinelli.
«Estamos cada vez mejor, la comprensión entre los jugadores está mejorando y deberíamos haber marcado más hoy», dijo Arteta a BBC Sport después del partido.
El entrenador del Arsenal atribuyó la victoria en parte al renovado espíritu de lucha de su equipo.
«Veo lo dispuestos que están todos los días a entrenar y mejorar. Creo que disfrutan jugando juntos y cuando algunos días no es tu mejor día, de alguna manera logras ganar y eso es importante».
«Gracias a Watford, están luchando por sus vidas. Cambiaron su equipo y es difícil vencerlos. Tenemos que ser muy honestos con nosotros mismos y nuestra estructura defensiva no fue lo suficientemente buena hoy. Permitimos algunas oportunidades y es algo seguiremos trabajando».
Moussa Sissoko anotó un segundo para Watford con tres minutos para el final cuando bajó el pecho y remató desde un centro de Hernández.
Watford puso el balón en el fondo de la red del Arsenal después de solo 17 segundos a través de Emmanuel Dennis, pero el gol fue anulado por fuera de juego.
El resultado coloca al Arsenal en el cuarto lugar, mientras que el Watford permanece en el 19, tres puntos detrás del 17, Everton, que tiene tres juegos pendientes.
