Los científicos del Instituto Van Andel han desarrollado un nuevo protocolo de extracción para el análisis metabolómico y de ARN-seq, que ofrece una imagen más completa de la actividad celular que cualquiera de las dos técnicas por sí sola.
El protocolo emplea una extracción simplificada de una sola muestra, lo que reduce la variación, mejora la eficiencia, conserva la fidelidad de los datos y maximiza el uso de valiosas muestras biológicas.
«Nuestra nueva técnica permite a los investigadores estudiar los fenotipos metabólicos de una manera única y obtener la mayor cantidad de información posible de muestras individuales», dijo Ryan Sheldon, Ph.D., director de Mass Spectrometry Core de VAI. «Lo más importante es que no se pierde información al usar nuestro protocolo nuevo y más eficiente».
Hasta ahora, los científicos han tenido que usar dos extracciones de muestras: una para RNA-seq y otra para metabolómica. Este enfoque requiere varias muestras o una sola muestra dividida en submuestras, lo que aumenta la variación y tiene un impacto desconocido en la interpretación de los datos.
El flujo de trabajo actual también puede hacer que los enfoques multiómicos sean desafiantes, especialmente en tipos de muestras poco comunes; el proceso de extracción destruye la muestra, lo que impide un análisis adicional.
Para validar el protocolo, el equipo de investigación comparó los resultados de la extracción estándar con los resultados del nuevo enfoque. Los hallazgos mostraron claramente que el nuevo protocolo conservó la calidad de los datos y a la vez ahorró tiempo y recursos.
El nuevo protocolo se publica en la revista Biología del ARN. Fue desarrollado por científicos de Core Technologies and Services y del Departamento de Metabolismo y Programación Nutricional de VAI. Core Technologies and Services proporciona tecnologías y experiencia de última generación a los científicos y colaboradores del Instituto.
«Nuestra nueva estrategia ofrece una prueba de concepto importante para los esfuerzos futuros de incorporar enfoques ómicos adicionales, con el objetivo de crear una tubería de extracción singular para RNA-seq, metabolómica, proteómica, transcriptómica y otros», dijo Sheldon. «Este trabajo no hubiera sido posible sin el excepcional equipo de Core Technologies and Services aquí en VAI y el compromiso del Instituto con la colaboración y la ciencia rigurosa».
Los autores incluyen a Zachary B. Madaj, MS, Michael S. Dahabieh, Ph.D., Vijayvardhan Kamalumpundi, Brejnev Muhire, Ph.D., Dean J. Pettinga, Rebecca A. Siwicki, MS, Abigail E. Ellis, Christine Isaguirre, Martha L. Escobar Galvis, Ph.D., Lisa DeCamp, Russell G. Jones, Ph.D., Scott A. Givan, Ph.D., Marie Adams, MS, de VAI. del Instituto Núcleo de espectrometría de masas, Núcleo de Patobiología y Biorepositorio, Núcleo de Bioinformática y Bioestadística y Núcleo de genómica desempeñó un papel clave en el desarrollo del protocolo.
La investigación reportada en esta publicación fue apoyada por el Instituto Van Andel.
